无名的功勋是一部犯罪片，国家安全局侦察处处长方健为追查间谍组织非法活动的线索，深入卧底与大毒枭打成一片，其妻郑小敏耐不住长期寂寞生活，在痛失胎儿之后，投入了热烈追求她的记者高飞的怀抱。一项高科技军事技术AS105工程的机密磁盘失窃了。重大嫌疑人为电视台记者高飞和市委书记的女儿叶华。高飞突然死于非命，而叶华则深深爱上了方健。一个神秘的女人——“芳芳”始终在背后操纵着一切，一个更大的阴谋正在酝酿……间谍分子逐一暴露，令人意想不到的是——背后的大间谍竟然是他！
